お互いを屋根つきの渡り廊下でつなげば、
一軒とみなされるので二軒建てるよりはかなりの金額を減らせそうですが、
渡り廊下にも当然、基礎、屋根、外壁、内装といったものはつくでしょう。

二つの家は当然それなりに離さなくてはなりませんので、費用は距離によって数十万かかります。

あまり頻繁に行き来するなら二世帯同居のほうがいいでしょうし、
頻繁に行き来しないのなら渡り廊下の意味はありません。　

ここではあくまで二軒別々に建てることを考えますが、
残念ながら建物の建築諸費用を減らすことはほぼ無理です。

二軒分、かかるもの
　●登記費用と家屋調査士費用
　●検査
　●建築確認申請
一応、これで数十万円増えてしまいます。

給排水工事、本体などは当然別々ですので、
減らすとしたら工事時期を一緒にするしかありません。

工事時期を一緒にして売買契約もいっしょにひとつにすれば
印紙代金が少し浮きます。（数千円？）
それと工事のときの仮設ものが減ります。
仮設トイレ、仮設水道、仮設電気などがまとめられる場合があります。
あわせれば数万円が浮くことになります。

土地がつながっていれば、外構の費用もうまくすれば浮きます。
お互いの敷地を区切る必要がなければ、その分の土留め分が浮きます。
（表札、ポスト、アプローチなどを共用にすれば更に浮きます）
立水栓なども共用にすれば1個分（配管も含めれば3万円ほど）浮きます。

あとは式典関係で地鎮祭を一緒にやってしまえば3万円ほど浮きます。

二世帯からの増分を考えると
追加した建物代の他に100万くらいかかります。